石灰的增产效果有一个反复被引用的数字：在酸性双季稻田上施用石灰（2.0 t/ha，熟石灰），早稻和晚稻的籽粒产量分别提高12.7%和12.3%。这个数字进入政策话语时，通常被呈现为酸化治理必要性的证据。但同一项研究还给出了另一组数字：施石灰使早稻分蘖中期硝态氮（NO₃⁻-N）的淋失量增加了29.6%，晚稻苗期增加了14.1%；早稻苗期溶解性有机氮（DON）的淋失增加了48.9%；溶解性有机碳（DOC）的淋失在多数时期也显著上升。研究者的结论是审慎的：“石灰提高了籽粒产量，但增加了溶解性碳氮淋失的风险”，并建议在施用石灰改良酸化时，采取适当措施减少碳氮淋失以保护地下水质量。
这组数据对高标准农田的酸化治理提出了一个无法回避的问题：当“增产”被写入绩效目标，而“淋失”不被写入任何考核表时，石灰的环境成本就成了一笔只发生在田块之下、不出现在账面上的支出。硝态氮淋失指向地下水硝酸盐污染的风险，溶解性有机碳的流失则关系到土壤碳库的长期稳定性。在南方双季稻区，高温多雨的气候条件本身就使碳氮流失高于其他区域，石灰激发的硝化作用和有机质矿化，恰好叠加在这种本已脆弱的环境背景之上。
这并不意味着石灰不应被施用。问题在于，石灰的环境副作用是可以通过管理措施被显著削弱的，而这些措施是否被纳入高标准农田的酸化治理方案，决定了“增产12.7%”究竟是一笔干净的收益，还是一笔以地下水为代价的透支。研究中建议的“适当措施”并非空泛之词：石灰与有机物料配合施用，可以通过有机阴离子对硝态氮的固持和微生物的固定作用，部分抵消单纯施石灰带来的淋失脉冲；分次、适量施用而非一次性大剂量撒施，可以避免土壤氮库在短时间内被过度活化；在稻田水分管理上，石灰施用后避免立即排水，减少硝态氮向深层土壤的迁移窗口，同样是可操作的。
高标准农田的“绿色”底线，不能只由工程的环保合规来定义，还需要由土壤化学干预的环境后果来定义。一块田在验收时pH达标、产量提升，但如果它的氮素以更高的速率离开了耕层，那么这块田的“高标准”就建立在一个未被计量的环境外部性之上。石灰的增产与淋失，是同一枚硬币的两面；酸化治理方案的科学性，恰恰体现在它是否有能力让产量这一面朝上，而把淋失那一面按住。
