评价石灰的效果，通常看的是pH上升了多少、产量增加了多少、铝毒缓解了多少。这些指标都指向“土壤化学状态的改善”。但土壤中还有另一套账本，记录的是那些不直接进入产量数字的变化：微生物生物量、群落组成和呼吸活性。连续施用石灰五年之后，这套账本上出现的是赤字。

一项以中亚热带双季稻田紫泥田为对象的研究，比较了连续5年施用有机肥和石灰对土壤微生物群落的差异化影响。结果呈现出几乎相反的方向：有机肥处理使微生物生物量碳、氮分别提高37%和28%，土壤呼吸速率提高44%—59%，革兰氏阴性菌的PLFAs绝对量提高了100%；而连续施用石灰5年后，微生物生物量碳、氮均呈下降趋势，微生物磷和土壤呼吸速率分别降低11%和26%—52%，微生物多样性显著降低，细菌、放线菌和绝大多数真菌类群的PLFAs绝对量下降30%—58%。相关性分析进一步显示，石灰处理下微生物群落结构和活性的降低与土壤pH的变化有关，而有机肥的正向效应主要通过提高有机质含量实现。

另一项水稻土的研究给出了时间维度上的递进：石灰连施3年后，土壤微生物类群PLFAs含量平均降低30%；连施7年后，平均降幅增至36%。这意味着石灰对微生物群落的抑制并非一次性的“扰动后恢复”，而是随着施用年限延长而累积的持续性压低。从机制上看，这并不难理解：石灰快速抬升pH，改变了微生物长期适应的酸碱微环境；硝化作用的激活消耗了铵态氮，可能加剧微生物的氮限制；而石灰对有机质矿化的激发，则在短期内释放养分的同时削减了微生物赖以维持生物量的碳底物。

这并不意味着石灰“有害”。在pH 4.5以下的强酸性土壤上，铝毒对微生物的压制可能比石灰本身的扰动更为严重，施石灰后微生物功能在短期内的恢复是已被观察到的现象。问题在于“连续”和“单独”这两个限定词。微生物账本上的赤字，主要出现在石灰被作为一种常规化、高频次的单一措施长期使用时，而不是在“诊断—施用—监测—再决策”的精准框架下间歇使用时。高标准农田的酸化治理如果以“每年撒一次”作为默认操作，而不监测微生物生物量或至少不将有机物料作为强制性配套，那么土壤化学指标的达标就可能以土壤生物学功能的持续消耗为代价。pH是一个可以被快速修正的数字，微生物群落却不是。