评价石灰的生态效应，最常用的指标是pH和交换性铝，再往下是微生物生物量和酶活性。土壤动物——尤其是蚯蚓这类“生态系统工程师”——很少进入酸化治理的监测清单。但蚯蚓的洞穴系统直接参与水分入渗、根系穿透和有机质混合，它的活动状态是土壤物理功能的一个活体指标。石灰改变了pH，pH改变了蚯蚓的生存条件，这条链条的终端，最终会反馈到高标准农田所追求的“土壤健康”上。

法国孚日山脉的一项实验室研究，用X射线断层扫描精确刻画了石灰对两种蚯蚓洞穴活动的影响。供试土壤来自受大气酸沉降影响数十年的酸性森林，非石灰处理表土pH为3.8、亚表层为4.5。结果呈现出清晰的物种分异：Aporrectodea giardi在石灰处理下总洞穴体积和长度显著增加；而A. caliginosa的生物量、表面排泄物产量和总洞穴系统均未受石灰的显著影响，但其在表土层的洞穴活动被石灰显著增强。更值得注意的是，对于这两个物种，六年前原位施过石灰（2.5 t/ha）的土壤，其蚯蚓活动并未比未施石灰的土壤有所改善。这意味着石灰对土壤动物的效应不是一条简单的“调酸—受益”直线：它因物种而异，因土层而异，而且“施过石灰”不等于“持续受益”——六年的时间足以让当年的生物学增益消退。

综合性的综述给出了更宽的画面：石灰通常增加线虫和蚯蚓的丰度，但也有研究未观察到石灰对这些群落的影响；在酸性土壤上，细菌、蚯蚓、丛枝菌根真菌和线虫的生长受到限制，而大多数真菌反而在酸性条件下占优，石灰的施用会改变这种群落格局。越南北部有机茶园的田间研究则报告了石灰对蚯蚓和蜈蚣丰度的显著正向效应，同时与白蚁种群呈负相关。这些结果共同指向一个方法论上的要点：用“土壤动物是否受益”来评价石灰，必须同时回答“哪一种动物、在什么时间尺度上、在哪一个土层中”。

对高标准农田的酸化治理而言，这意味着一项容易被省略的监测维度。当前的项目验收几乎不会把蚯蚓丰度或洞穴密度纳入指标，这本身可以理解——它们不如pH那样易于标准化测量。但完全忽略土壤动物的响应，会使“地力提升”的叙事缺失一个关键的生物学锚点。一块田在施石灰后pH达标、产量恢复，如果蚯蚓群落并未同步恢复，那么土壤的物理结构——孔隙、入渗、团聚体——可能仍然停留在酸化时期的退化状态，产量增益所依赖的根系环境就是打了折扣的。更审慎的做法，不是把蚯蚓当作石灰的“受益指标”来宣传，而是把它当作石灰效应的“延迟指标”来监测：生物学响应比化学响应慢，也比化学响应更容易被后续的复酸或管理扰动所抵消。pH可以在一个季节内被修正，蚯蚓的洞穴系统需要更长的时间来重建，而重建的前提是石灰带来的化学改善没有被下一轮的酸化重新抹去。