生石灰在浊水池塘中的应用，常被理解为“消毒之后水就清了”，但它的澄清功能有一套独立的机制，与杀菌无关，也与pH的抬升不完全等同。核心反应发生在氢氧化钙与二氧化碳之间：生成的碳酸钙沉淀使悬浮的胶状有机质等胶结沉淀，使池水澄清，增加水的透明度。另一处技术表述补充了钙离子的角色：生石灰能与水中铜、锌、铁、磷等结合而减轻水体毒性，促进池底厌氧菌群对有机质的矿化和腐殖质分解，使水中悬浮的胶体颗粒沉淀。
这套机制的作用对象是“胶体稳定性”，而非“活的生物”。浊水中的黏土微粒和有机碎屑表面带负电荷，相互排斥而保持悬浮；钙离子的引入压缩了双电层，使颗粒之间的排斥力减弱，范德华引力占据优势，颗粒聚结下沉。碳酸钙沉淀则充当了絮凝的“晶核”，为细小的胶体提供了附着的界面。澄清效果的好坏，因此取决于悬浮物的性质和钙离子的相对浓度，而不是石灰的杀菌能力。
这一区分对实践判断有直接意义：石灰对“胶体浊度”有效，对“溶解态着色”效果有限；对无机悬浮颗粒的絮凝可能需要配合明矾等辅助剂（有资料建议每次每亩配合100至150公斤明矾效果更好），而对藻类过度繁殖造成的“生物浊度”，石灰的絮凝只是表象，藻类的持续增殖会在数天内重建浊度。把石灰的澄清功能与消毒功能混为一谈，容易导致对“水清了”这一现象的误读——水清不等于病原被清除，也可能只是胶体被暂时压下去了。
