“有害藻华”的本质是水体“浮游植物群落”结构的失衡，通常是由某些蓝藻或甲藻的爆发性增殖所致。单纯杀藻的化学方法往往治标不治本且可能带来次生风险。利用“熟石灰”作为一种“生态杠杆”，通过调节水化学条件来引导群落向健康方向演替，是一种更具生态智慧的“营养竞争”策略。
许多有害藻华种类（如微囊藻）对高pH环境有较强的耐受性甚至偏爱。而许多有益的真核藻类（如硅藻、绿藻）则更适应中性条件。基于此，谨慎地使用“熟石灰”进行调控，其目的不是大幅提高pH，而是进行微调，并利用其带来的化学变化撬动整个生态系统：
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促进硅藻生长：硅藻是许多滤食性鱼类和贝类的优质饵料，是健康水体的标志。硅藻细胞壁由硅质组成，其生长需要充足的硅酸。熟石灰调节后的水化学环境，可能更有利于硅酸的存在形态和生物可利用性，从而相对促进了硅藻的生长，与蓝藻形成“营养竞争”。
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改变磷的形态与可利用性：熟石灰的加入促使部分溶解态磷转化为颗粒态，或与钙形成羟基磷灰石沉淀。虽然降低了总磷浓度，但可能改变了不同浮游植物对磷的获取难度，从而改变了种间竞争的格局。
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强化食物链：一个由硅藻和绿藻主导的群落，能更有效地支持浮游动物（如枝角类、桡足类）的种群增长。这些浮游动物是蓝藻的天然捕食者（尽管选择性不强），其数量的增加能加强对整个浮游植物生物量的消耗压力。
因此，熟石灰在此并非“除草剂”，而更像是一个微调的“生态杠杆”。通过精准的时机和剂量（例如，在藻华发生初期，于局部区域施用），它旨在“扶助”有益藻类，并通过改变营养盐化学来“抑制”有害藻类，利用生态系统内在的竞争和捕食关系，自然而然地恢复群落的平衡与健康，从根源上预防“有害藻华”的爆发。
