生物医药（中药和西药）的制备过程中，生石灰及其衍生物（氢氧化钙、碳酸钙）扮演着“解毒剂”、“炮制辅料”和“药用辅料”的角色。在中药领域，石灰用于炮制有毒中药（白附子、川乌、草乌、天南星、半夏等），降低毒性，增强疗效；在中药饮片的储存中，石灰缸（石灰箱）用于吸湿防霉。在西药领域，药用碳酸钙（CaCO₃）是常用的抗酸剂（胃药）和钙补充剂；氢氧化钙（Ca(OH)₂）用于牙科根管消毒和盖髓材料。生石灰是连接传统医药与现代制药的桥梁。

有毒中药（如白附子、川乌、草乌、天南星、半夏）中含有乌头碱、次乌头碱、新乌头碱、皂苷等毒性成分，口服可引起口舌麻木、心律失常、呼吸抑制甚至死亡。传统的炮制方法之一是“石灰制”：将生药材（鲜品或干品）与生石灰（或石灰水）、明矾、生姜、甘草等辅料共煮（或浸泡、埋藏），利用石灰的强碱性（pH11-13）水解乌头碱类双酯型二萜生物碱，将其转化为毒性较低（1/100-1/1000）的乌头次碱、乌头原碱。以白附子（独角莲Typhonium giganteum的块茎）为例，传统炮制工艺：取鲜白附子，洗净，与生石灰、明矾（白矾）一起放入锅中，加水共煮（或浸泡）3-5天（或至内无白心），取出，漂洗（清水漂洗3-5天，每天换水），干燥。成品白附子饮片呈微黄色，味淡（不麻舌），用于祛风痰、定惊搐、解毒散结。现代药理学研究表明，石灰炮制后的白附子，乌头碱含量从0.05%-0.1%降至0.005%-0.01%（降低90%-95%），对小鼠的LD50（半数致死剂量）提高了5-10倍（安全性提高）。同时，石灰中的钙离子与草酸钙针晶（白附子中的刺激性成分）结合，形成不溶性钙盐，减少对口腔和咽喉的刺激（“麻舌感”）。

川乌、草乌（毛茛科乌头属植物）的炮制也常用“石灰水浸泡法”：将川乌（或草乌）用清水浸泡数日（至透心），换入5%-10%石灰水中浸泡3-5天，取出，用清水漂洗，蒸熟或煮透，切片，干燥。石灰法炮制川乌的降毒效果优于单纯清水浸泡或蒸煮（因为乌头碱在碱性条件下更易水解）。现代GMP（药品生产质量管理规范）中药饮片厂采用“蒸煮-水漂-烘干”的标准化炮制工艺，石灰法因其工艺参数难控制（石灰浓度、时间、温度）、残留石灰难以完全去除（饮片呈碱性），已不再作为主流方法，但在小批量、传统处方或民间炮制中仍有保留。

“石灰制”天南星（天南星科植物）和“石灰制”半夏，原理类似。

中药饮片的储存（尤其是富含淀粉、糖分的饮片，如山药、天花粉、白术、党参）在梅雨季节极易吸湿、虫蛀、霉变。中药行业传统的做法是使用“石灰缸”或“石灰箱”：将生石灰块（或颗粒）装入缸底（或箱底），上面架设隔板（木板、铁网），隔板上放置饮片（用布袋或纸包），加盖密封。石灰吸收缸内空气中的水分，使饮片保持干燥（相对湿度<50%），防止霉变和虫蛀。石灰缸需定期检查（石灰粉化后更换），饮片不宜直接接触石灰（避免碱性污染）。现代中药仓储采用空调除湿、温湿度监控、塑料密封包装（真空或充氮），石灰缸已逐步淘汰，但在小型药房、诊所和家庭中仍有使用。

在西药领域，药用碳酸钙（CaCO₃，符合《中国药典》标准）由高纯度石灰乳（Ca(OH)₂）通入CO₂碳化制得（或由碳酸钙矿石粉碎精制）。碳酸钙的用途包括：抗酸剂（胃酸中和剂），用于治疗胃酸过多、胃溃疡、十二指肠溃疡（单方或复方制剂，如“盖胃平”、“复方氢氧化铝”）；钙补充剂（钙片），用于预防和治疗钙缺乏症（骨质疏松、佝偻病、手足搐搦症），如“碳酸钙D3片”、“钙尔奇”；片剂填充剂（稀释剂），用于增加片剂的重量和体积（如维生素片、中药片剂）；药用辅料（抗结剂、崩解剂、助流剂）。药用碳酸钙的质量标准（《中国药典》2020年版二部）：含量（以CaCO₃计）≥98.5%，氯化物≤0.05%，硫酸盐≤0.05%，铁≤0.02%，重金属（以Pb计）≤0.001%（10ppm），砷≤0.0002%（2ppm），以及铅、镉、汞、铜的单独限度（根据ICH Q3D指导原则）。不符合药用标准的工业级碳酸钙或石灰不能用于药品。

氢氧化钙（药用级，Ca(OH)₂）在牙科中用作根管消毒剂（“氢氧化钙糊剂”），具有强碱性（pH12-13），能杀灭根管内的细菌（厌氧菌、兼性厌氧菌），中和细菌内毒素，促进根尖周组织愈合。氢氧化钙也用作盖髓剂（直接盖髓、间接盖髓），用于治疗深龋近髓或意外穿髓，保护牙髓活力。氢氧化钙糊剂通常与碘仿、甲基纤维素等配制成根管充填材料。药用氢氧化钙需无菌、低内毒素。

生石灰在生物医药中的应用，承载着“减毒增效”的制药智慧和“安全有效”的药品标准。对于中药炮制，它是传统工艺的物质载体（石灰、水、温度、时间的四维调控），正在被现代制药工程学所阐明（乌头碱水解动力学、炮制终点判定）；对于西药，它是符合药典标准、经过精密加工的药用辅料，用于治疗疾病和维持健康。无论是古法还是新药，生石灰及其衍生物都是生物医药领域不可或缺的“小材料大作用”。