在酸性稻田上，生石灰的施用通常被安排在翻耕前或插秧前，目的是在作物根系进入之前完成对酸度的压制。这个时间逻辑从“解铝毒”的角度看是合理的。但从氮素循环的角度看，它可能把石灰的碱度脉冲与稻田氮肥的施用窗口挤到了同一个时间区间里，而这两个过程的化学方向恰好相反：石灰要抬升pH，铵态氮在pH抬升的条件下却更容易以氨的形式逸出田面水。

南方典型酸性双季稻田的通气法试验给出了量化的后果。撒施生石灰显著增加了稻田氮素的氨挥发损失：早稻季氨挥发损失量较不施石灰处理增加二点二〇至二十二点九一公斤每公顷，增幅百分之十九点二八至百分之二百点七九；晚稻季增加三点〇八至五十二点四四公斤每公顷，增幅百分之六点九六至百分之一百一十八点四八。当早稻季施纯氮一百五十公斤每公顷、生石灰用量在四百五十至三千七百五十公斤每公顷之间时，氨挥发损失量达到十三点六一至三十四点三二公斤每公顷，氮素损失率为百分之七点四四至十八点七八；晚稻季的损失率更高，达到百分之二十一点六六至四十四点二四。研究者的结论是明确的：当早稻季生石灰用量超过九百公斤每公顷、晚稻季超过一千八百公斤每公顷时，稻田氨挥发显著增加。另一项研究在秸秆还田条件下观察到了同向的叠加：石灰在早稻生长季使氨排放和排放因子分别提高了百分之九十八点六和九十点二。

这些数字并不意味着石灰“不该用”。它们意味着石灰的施用时机和用量，必须与氮肥管理的时序重新对齐。如果石灰的碱度脉冲与铵态氮在田面水中的高浓度窗口重叠，氨挥发就是两者相遇的必然产物；如果石灰的施用能够提前到与基肥施用拉开足够的时间间隔，或者在石灰施用后通过水分管理减少田面水中的铵浓度暴露，这条损失路径就可以被显著压缩。专利技术中已经出现了针对性的设计：以复合包膜尿素为氮肥、按基肥比穗肥七比三施用，正是为了在石灰存在的条件下降低铵态氮在敏感窗口的暴露。高标准农田的酸化治理方案，如果只规定“每亩撒多少石灰”，而不规定“石灰与氮肥的施用间隔、水分管理如何配合、氮肥形态是否需要调整”，那么调酸带来的增产潜力，就会有一部分以氨挥发的形式离开田块。石灰和氮肥不是两块可以各自独立安排的日程，它们共享同一片田面水、同一个pH窗口，而氨挥发正是在那个窗口里悄悄发生的氮素损失。