生石灰清塘的杀灭谱常被描述为“野杂鱼、病原体、寄生虫”，但这条清单省略了一个重要的中间层：底栖动物。螺类、水蚯蚓、摇蚊幼虫这些生物，既不是养殖对象，也不完全是“敌害”。它们在池塘生态系统中承担着有机质分解、底泥通气等功能，其中水蚯蚓和摇蚊幼虫还是部分养殖品种的天然饵料。
清塘浓度的生石灰对它们的清除是彻底的。一项清塘观察记录显示，泼洒石灰后半小时蚂蟥、泥鳅死亡，2小时螺及其他鱼相继死亡。这种无差别性意味着：清塘在消灭病原和野杂鱼的同时，也把底栖群落重置到了接近零的起点。此后的恢复速度，取决于底泥中残存的卵、休眠体以及后续从水源引入的种群。对于计划投放虾蟹或底层鱼类的池塘，底栖饵料生物的恢复节奏，与浮游动物的恢复节奏同样值得关注——浮游动物在清塘后约一周达到高峰，而底栖动物的重建通常要慢得多。
这一事实将石灰清塘的“效果评估”推向一个更精细的层面：清塘是否成功，不能只看野杂鱼死没死，还要看底栖饵料生物在放养前是否恢复到了足以支撑目标品种的程度。如果放养时间与底栖群落的恢复期错位，虾蟹下塘后可能面临“有钙无饵”的尴尬局面。清塘后的底栖管理，不是石灰本身能解决的问题，但石灰的剂量和时机决定了这个问题从哪一天开始被意识到。
